एक प्रोटीन डेटा बैंक (पीडीबी) फ़ाइल एक फ़ाइल स्वरूप है जिसका उपयोग त्रि-आयामी जैविक डेटा को संग्रहीत करने के लिए किया जाता है। पीडीबी फाइलें आमतौर पर प्रोटीन, न्यूक्लिक एसिड और अन्य जैव-अणुओं पर डेटा स्टोर करने के लिए उपयोग की जाती हैं। PDB फ़ाइलों को विभिन्न तरीकों से देखा जा सकता है, जिसमें PyMOL और VMD जैसे सॉफ़्टवेयर शामिल हैं। विंडोज 11 में, आप फाइल एक्सप्लोरर में जाकर, व्यू टैब पर क्लिक करके और फिर छिपी हुई फाइलों और फ़ोल्डरों को दिखाने के विकल्प का चयन करके एक पीडीबी फाइल खोल सकते हैं। एक बार जब आप ऐसा कर लेते हैं, तो आप उस पीडीबी फ़ाइल का पता लगाने में सक्षम हो जाना चाहिए जिसे आप देखना चाहते हैं। पीडीबी फाइलें जैव अणुओं के साथ काम करने वाले वैज्ञानिकों के लिए एक महत्वपूर्ण उपकरण हैं, क्योंकि वे तीन आयामों में डेटा के विज़ुअलाइज़ेशन और विश्लेषण की अनुमति देते हैं। पीडीबी फाइलों को कैसे खोलना और देखना है, यह समझना जैव सूचना विज्ञान या कम्प्यूटेशनल जीव विज्ञान के क्षेत्र में काम करने वाले किसी भी व्यक्ति के लिए एक महत्वपूर्ण कौशल है।
प्रोटीन डाटा बैंक (पीडीबी) फाइलें त्रि-आयामी आणविक फ़ाइलें हैं जो आणविक संरचनाओं को संग्रहीत करती हैं। अब, यदि आप सोच रहे हैं कि पीसी पर ऐसी फाइलें कैसे खोलें, तो यह पोस्ट आपको रुचिकर लगेगी। यहां हम पीडीबी फाइलों पर विस्तार से चर्चा करेंगे और विंडोज 11/10 में ऐसी फाइलों को कैसे देखें। तो, आगे की हलचल के बिना, आइए इसे देखें!
प्रोटीन डाटा बैंक (पीडीबी) फाइल क्या है?
प्रोटीन डाटा बैंक (पीडीबी) प्रोटीन, न्यूक्लिक एसिड और अन्य बड़े अणुओं के लिए 3डी संरचनात्मक डेटा का डेटाबेस है। फ़ाइल से सकल घरेलू उत्पाद फ़ाइल एक्सटेंशन मूल रूप से एक फ़ाइल है जिसमें 3D जैविक अणु की संरचना से संबंधित डेटा होता है। डेटा में परमाणु निर्देशांक, परमाणु संरचना, परमाणु कनेक्टिविटी, प्रोटीन संरचना, न्यूक्लिक एसिड संरचना और बहुत कुछ शामिल हैं। इसमें प्रयोगात्मक मेटाडेटा भी शामिल है।
प्रोटीन निर्देशांक का आदान-प्रदान करने के लिए जैव सूचना विज्ञान में इस फ़ाइल प्रारूप का व्यापक रूप से उपयोग किया जाता है। इसमें प्रोटीन की संरचना का वर्णन करने वाली हजारों पंक्तियाँ हैं। अब, यदि आप विंडोज पीसी पर पीडीबी फाइलों को पढ़ना या देखना चाहते हैं, तो आपको एक समर्पित थर्ड पार्टी टूल का उपयोग करने की आवश्यकता है क्योंकि उसके लिए कोई मूल ऐप नहीं है। इस पोस्ट में, हम विंडोज 11/10 में पीडीबी फाइल देखने के विभिन्न तरीकों पर चर्चा करेंगे।
विंडोज 11 में प्रोटीन डाटा बैंक (पीडीबी) फ़ाइल कैसे देखें?
विंडोज 11/10 में प्रोटीन डाटा बैंक (पीडीबी) फ़ाइल को देखने के दो तरीके हैं, अर्थात्:
- पीडीबी फाइलों को देखने के लिए मुफ्त सॉफ्टवेयर का प्रयोग करें।
- पीडीबी फाइलों को पढ़ने के लिए एक मुफ्त ऑनलाइन टूल का प्रयास करें।
1] पीडीबी फाइलों को देखने के लिए मुफ्त सॉफ्टवेयर का प्रयोग करें।
आप तृतीय-पक्ष Windows सॉफ़्टवेयर का उपयोग कर सकते हैं जो आपको PDB फ़ाइलों को खोलने और देखने की अनुमति देता है। विंडोज के लिए कई मुफ्त डेस्कटॉप ऐप उपलब्ध हैं जिन्हें आप आजमा सकते हैं। यहाँ कुछ अच्छे हैं जिनका आप उपयोग कर सकते हैं:
- IQmol
- स्विस-पीडीबी व्यूअर
- कमोल
- एक अणु
- रसमोल
ए] इकमोल
IQmol विंडोज 11/10 के लिए एक फ्री और ओपन सोर्स मॉलिक्यूलर एडिटर और विज़ुअलाइज़ेशन सॉफ्टवेयर है। इसका उपयोग करके, आप PDB के साथ-साथ MOL, SMI, CUBE, XYZ, आदि जैसे विभिन्न अन्य 3D अणु फ़ाइलों को देख सकते हैं। इस सॉफ़्टवेयर में, आप सभी महत्वपूर्ण आणविक दृश्य उपकरण पा सकते हैं। ये उपकरण बुनियादी से लेकर उन्नत तक हैं। पीडीबी फ़ाइल देखने के अलावा, आप आणविक संरचना को भी संपादित कर सकते हैं।
यह आपको एक ही समय में कई पीडीबी फाइलें खोलने और उन सभी को एक ही समय में देखने की अनुमति देता है। मॉडल व्यू पैनल में, आप एक या अधिक पीडीबी फाइलों के प्रतिपादन को सक्षम या अक्षम कर सकते हैं।
IQmol की मुख्य विशेषताएं:
इस मुफ़्त और मुक्त स्रोत पीडीबी फ़ाइल व्यूअर की विशेषताएं जिन्हें आप देख सकते हैं:
- आप ज़ूम इन/ज़ूम आउट (माउस व्हील के साथ), पैन, रोटेट, फ़ुल स्क्रीन, रीसेट व्यू, शो एक्सिस आदि सहित सभी मानक फ़ाइल ब्राउज़िंग टूल पा सकते हैं।
- यह आपको शेडर, परिवेश प्रकाश, प्रसार, धुंध शक्ति, हाइलाइट्स, शोर तीव्रता, पीओवी-रे पैरामीटर इत्यादि जैसे पैरामीटर संपादित करके मॉडल की उपस्थिति को अनुकूलित करने की अनुमति देता है।
- आप परमाणु द्रव्यमान, आंशिक आवेश, NMR, स्पिन घनत्व आदि जैसे परमाणु लेबल भी जोड़ सकते हैं।
- यह आपको कैमरा सेटिंग्स को अपनी पसंद के अनुसार अनुकूलित करने की अनुमति देता है। आप कैमरे के प्रक्षेपण, स्थिति आदि को समायोजित कर सकते हैं।
- एक सुविधाजनक है स्वचालित घुमाव एक फ़ंक्शन जो आपको आणविक मॉडल को स्वचालित रूप से घुमाने की अनुमति देता है।
- आप PNG, PPM, BMP, JPG, PS, EPS, आदि जैसे छवि प्रारूप में वर्तमान प्रोटीन संरचना प्रतिनिधित्व को सहेज सकते हैं।
- यह आपको 'इस रूप में सहेजें' सुविधा का उपयोग करके पीडीबी को अन्य अणु फ़ाइलों में परिवर्तित करने की भी अनुमति देता है। समर्थित आउटपुट स्वरूप: XYZ, MOL, MOL2, CML, आदि।
- आप भी इसे उपयोग कर सकते हैं गणना गणना करने के लिए कार्य करता है आणविक संरचना ऊर्जा, बल, पीईएस स्कैन, संक्रमण अवस्था, रासायनिक बदलाव, ज्यामिति, अपघटन ऊर्जा, बीएसएसई सुधार, और इसी तरह।
कार्यों को देखने के अलावा, आपको आणविक निर्माण कार्यों के एक सेट के साथ एक विशेष बिल्ड मेनू मिलता है। इन विशेषताओं में नए परमाणु जोड़ना, नए अणु सम्मिलित करना, संरचना को न्यूनतम करना, समस्थानिक स्थापित करना, और बहुत कुछ शामिल हैं।
यह वास्तव में एक अच्छा आणविक मॉडलिंग सॉफ्टवेयर है जिसकी मदद से आप अपने पीसी पर प्रोटीन डेटा बैंक फाइलों की कल्पना कर सकते हैं। अगर आपको यह पसंद है तो डाउनलोड करें यहाँ से .
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बी] स्विस-पीडीबी व्यूअर
स्विस-पीडीबी व्यूअर विंडोज 11/10 के लिए एक विशेष मुफ्त पीडीबी फाइल व्यूअर है। यह आपको एक साथ कई प्रोटीन संरचनाओं की कल्पना और विश्लेषण करने की अनुमति देता है। आप पीडीबी फाइल में निहित प्रोटीन संरचना, डीएनए संरचना आदि का विश्लेषण कर सकते हैं। पीडीबी फाइल के अलावा, यह आपको एमओएल और एमएमसीआईएफ फाइलों को खोलने और देखने की भी अनुमति देता है।
जब आप पीडीबी फाइल खोलते हैं, तो कंट्रोल पैनल विंडो के साथ इंटरफेस पर एक 3डी व्यू प्रदर्शित होता है। नियंत्रण कक्ष में सामान्य जानकारी, एक सूची और एक फ़ाइल शीर्षक होता है। आप संरचना को आसानी से स्थानांतरित कर सकते हैं, घुमा सकते हैं, ज़ूम इन/आउट कर सकते हैं, आदि।
यह आपको डॉट सरफेस, बेस, हाइड्रोजन बॉन्ड्स, फोर्स वेक्टर्स और अन्य को आपकी पसंद के अनुसार दिखाने या छिपाने की भी अनुमति देता है। संरचना का बेहतर विश्लेषण करने के लिए आप अलग-अलग रंग योजनाओं के साथ अलग-अलग हिस्सों को भी हाइलाइट कर सकते हैं। इसके अलावा, आप रेंडर इन सॉलिड 3डी, रेंडर पीओवी, डिस्प्ले लेबल्स आदि जैसी डिस्प्ले सुविधाओं का उपयोग कर सकते हैं।
विज़ुअलाइज़ेशन टूल के अलावा, आपको बहुत सारी आणविक मॉडलिंग सुविधाएँ भी मिलती हैं। इसके अलावा, इसमें ऊर्जा गणना, एच-बॉन्ड गणना, डोमेन विश्लेषण, डोमेन पहचान, 3डी आकृति निर्माण, क्रिस्टलोग्राफिक समरूपता निर्माण और अन्य उपकरण भी शामिल हैं।
आप इसे से डाउनलोड कर सकते हैं आधिकारिक साइट .
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सी] क्यूमोल
कमोल विंडोज 11/10 के लिए एक और मुफ्त पीडीबी व्यूअर है। यह एक मैक्रोमोलेक्यूलर स्ट्रक्चर विज़ुअलाइज़ेशन टूल है जिसके साथ आप पीडीबी फाइलें देख सकते हैं। अन्य फाइलें जिन्हें आप इसमें खोल सकते हैं और देख सकते हैं, वे हैं DX, MAP, MTZ, CNS, आदि।
यह आपको परिप्रेक्ष्य और ऑर्थोग्राफ़िक दृश्यों के बीच स्विच करने, मॉडल को घुमाने, ज़ूम इन/आउट करने आदि की अनुमति देता है। आप पीओवी-रे और इसकी एनीमेशन रेंडरिंग विधियों का उपयोग करके मॉडल को प्रस्तुत कर सकते हैं। प्रदान की गई संरचना को पीएनजी प्रारूप में सहेजा जा सकता है। एक माप उपकरण भी उपलब्ध है जो आपको मॉडल में दूरी, कोण और मोड़ को मापने की अनुमति देता है।
आप प्रोटीन संरचना का और अधिक विश्लेषण करने के लिए कुछ अतिरिक्त उपकरण भी पा सकते हैं। इन उपकरणों में शामिल हैं आणविक सुपरपोजिशन, मोल सरफेस कटर, मोल सरफेस जेनरेशन, मोल बॉन्ड एडिटर, इंटरेक्शन एनालिसिस, मोल मॉर्फ एनिमेशन, और इसी तरह।
पीडीबी फाइलों में मौजूद प्रोटीन संरचना की कल्पना और विश्लेषण करने के लिए यह एक अच्छा सॉफ्टवेयर है।
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ईमेल बैकअप सॉफ्टवेयर
डी] अणु
इस सूची में अगला PDB व्यूअर सॉफ्टवेयर Molekel है। यह एक पुराना लेकिन शक्तिशाली आणविक विज़ुअलाइज़ेशन सॉफ़्टवेयर है जो आपको पीडीबी फ़ाइलों को खोलने और देखने की अनुमति देता है। आप कई आणविक दृश्य और विश्लेषण उपकरण पा सकते हैं जो आपको प्रोटीन संरचनाओं का विश्लेषण करने की अनुमति देते हैं।
यह आपको अणुओं, परमाणुओं, बंधनों, अवशेषों आदि के प्रदर्शन को अनुकूलित करने की अनुमति देता है। आप उनमें से प्रत्येक के लिए अलग-अलग प्रकार के प्रदर्शन चुन सकते हैं, जैसे कि बॉल एंड स्टिक, सीपीके, गोलार्ध, सोस्फेयर, पूर्ण क्षेत्र, सिलेंडर, सोसिलेंडर, सेमीसिलेंडर, वायर, स्टिक, लीनियर टेप, आदि। इसके अलावा, आप 3डी व्यू के गुणों को समायोजित कर सकते हैं, बाउंडिंग बॉक्स को दिखा/छुपा सकते हैं, शेड्स का उपयोग कर सकते हैं, आदि। यह आपको सतह के इलेक्ट्रॉन घनत्व को बदलकर पीडीबी फाइल को देखने की अनुमति देता है। संरचना और विलायक के लिए उपलब्ध सतह को संरचना में जोड़ना।
आप पा सकते हैं एनिमेशन अणु की संरचना के एनीमेशन को चलाने के लिए इसमें एक कार्य। इसमें उपयुक्त उपकरणों के साथ एक विशेष 'विश्लेषण' मेनू भी है। विश्लेषण टूल का उपयोग करके, आप संरचना के लिए ग्रिड डेटा, घूर्णी घनत्व, आणविक इलेक्ट्रोस्टैटिक क्षमता, उत्सर्जन स्पेक्ट्रम, दूरी, कोण और बहुत कुछ निर्धारित कर सकते हैं।
यह आपको पीडीबी फाइलों को विभिन्न फ़ाइल स्वरूपों में बदलने की भी अनुमति देता है। इन स्वरूपों में पीडीएफ, पीएस, ईपीएस और इमेज शामिल हैं। यदि आप इसे पसंद करते हैं तो आप इसे प्राप्त कर सकते हैं यहाँ .
पढ़ना: पूर्ण एनाटॉमी ऐप विंडोज के लिए एक योग्य डाउनलोड है। .
ई] रसमोल
आप विंडोज 11/10 पर पीडीबी फाइलों को देखने के लिए रसमोल का भी उपयोग कर सकते हैं। यह मुफ़्त और खुला स्रोत सॉफ़्टवेयर है जो आपको आणविक संरचनाओं की कल्पना और विश्लेषण करने की अनुमति देता है। यह एमओएल, एक्सवाईजेड, सीआईएफ, एमओपीएसी इत्यादि जैसी अन्य फाइलों को खोलने और देखने का भी समर्थन करता है।
यह आपको संरचना को एक फ्रेम, ताना, छड़, रिबन, किस्में आदि के रूप में देखने की अनुमति देता है। आप संरचना के विभिन्न हिस्सों को अलग-अलग रंगों से उजागर भी कर सकते हैं। यह आपको अपनी पसंद के अनुसार हाइड्रोजन परमाणु, विषम परमाणु, छाया, लेबल आदि दिखाने या छिपाने की भी अनुमति देता है। आप किसी संरचना में दूरी, मरोड़, कोण और अन्य मान भी माप सकते हैं।
यह सॉफ्टवेयर उपलब्ध है यहाँ .
देखना: विंडोज के लिए सर्वश्रेष्ठ मुफ्त 3डी ह्यूमन एनाटॉमी सॉफ्टवेयर।
2] पीडीबी फाइलों को पढ़ने के लिए एक मुफ्त ऑनलाइन टूल का प्रयास करें।
आप पीडीबी फाइलों को खोलने और देखने के लिए मुफ्त ऑनलाइन टूल का भी उपयोग कर सकते हैं। आपको बस एक वेब ब्राउज़र में वेबसाइट खोलनी है और इसे देखने के लिए पीडीबी फ़ाइल डाउनलोड करनी है। यहां कुछ अच्छे मुफ्त ऑनलाइन पीडीबी व्यूअर हैं जिन्हें आप आजमा सकते हैं:
- आरसीएसबी पीडीबी
- मोलसॉफ्ट
ए] आरसीएसबी पीडीबी
विंडोज़ नैदानिक नीति सेवा शुरू नहीं कर सकी
आप प्रोटीन डेटा बैंक फाइलों की कल्पना करने के लिए आरसीएसबी पीडीबी नामक इस मुफ्त ऑनलाइन टूल का उपयोग कर सकते हैं। यह आपको पीडीबी फ़ाइल आयात करने और फिर इसकी आणविक संरचना की कल्पना और विश्लेषण करने की अनुमति देता है।
आप ज़ूम, रोटेट, उन्नत पोर्ट व्यू टॉगल, कैमरा रीसेट, चयन मोड टॉगल इत्यादि जैसी कुछ बुनियादी विज़ुअलाइज़ेशन सुविधाएं पा सकते हैं। /बंद। रोड़ा अक्षम करें, कोहरा सक्षम/अक्षम करें, कतरन, स्थान, आदि।
यह इसके साथ आता है चेतन समारोह। इसके इस्तेमाल से आप प्रोटीन स्ट्रक्चर को अपने आप घुमा सकते हैं। इससे आप रोटेशन स्पीड और एंगल को एडजस्ट कर सकते हैं। आपको एक समर्पित भी मिलता है माप इसमें उपकरण। इस टूल का उपयोग करके, आप कई मान जैसे दूरी, अभिविन्यास, कोण आदि का पता लगा सकते हैं।
इन सुविधाओं के अलावा, कई अन्य उपयोगी उपकरण उपलब्ध हैं: संरचना रूपांकन खोज, घटकों को जोड़ना, एनीमेशन निर्यात, ज्यामिति निर्यात (STL, OBJ, आदि) और मॉडल निर्यात।
कुल मिलाकर, यह विज़ुअलाइज़ेशन टूल के एक बड़े सेट के साथ वास्तव में एक अच्छा मुफ्त ऑनलाइन पीडीबी व्यूअर है। आप कोशिश कर सकते हैं यहाँ .
बी] मोलसॉफ्ट
मोल्सॉफ्ट एक अन्य ऑनलाइन उपकरण है जिसका उपयोग पीडीबी संरचनाओं की कल्पना करने के लिए किया जा सकता है। यह बुनियादी सुविधाओं के साथ एक साधारण पीडीबी फाइल व्यूअर है। पहले इसे खोलो वेबसाइट और थ्री-लेन मेनू विकल्प पर क्लिक करें। उसके बाद, स्थानीय रूप से सहेजी गई पीडीबी फ़ाइल आयात करने या अपने Google ड्राइव से फ़ाइल अपलोड करने के लिए 'ओपन' विकल्प चुनें। जब आप कोई फ़ाइल चुनते हैं, तो यह आपको व्यूअर में आणविक संरचना दिखाएगा।
संरचना की कल्पना करने के लिए आप विभिन्न दृश्य मोड का उपयोग कर सकते हैं। इन दृश्यों में वायरफ़्रेम, क्रिएटिन फ़ॉस्फ़ोकाइनेज (CPK), बॉल और रॉड, रिबन, और बहुत कुछ शामिल हैं। आप अपनी आवश्यकताओं के अनुरूप इन व्यू मोड्स के बीच आसानी से स्विच कर सकते हैं। इसके अलावा, यह आपको संरचना की बेहतर समझ के लिए एटम लेबल, अवशेष लेबल, हाइड्रोजन बांड और साइटों को सक्षम या अक्षम करने की अनुमति देता है।
यह माप उपकरण भी प्रदान करता है। आप मॉडल में दूरी, समतल कोण और मोड़ कोण को माप सकते हैं। इसके अलावा, एक आसान रंग फ़ंक्शन द्वारा उपलब्ध है, जो आपको परमाणु प्रकार, श्रृंखला, संरेखण, माध्यमिक संरचना, आदि द्वारा संरचना को रंगने की अनुमति देता है।
यह एक और अच्छा ऑनलाइन पीडीबी फाइल व्यूअर है जिसे आप मुफ्त में आजमा सकते हैं।
प्रोटीन डाटा बैंक से पीडीबी फाइल कैसे डाउनलोड करें?
प्रोटीन डेटा बैंक से एक पीडीबी फ़ाइल डाउनलोड करने के लिए, आप प्रोटीन डेटा बैंक की वेबसाइट पर जा सकते हैं, दर्ज करें और प्रोटीन या मैक्रोमोलेक्यूल का नाम खोजें, जैसे कि मानव हीमोग्लोबिन, चिटिनेज़, आदि। फिर खोज परिणामों से फ़ाइल का चयन करें और पीडीबी फ़ाइल डाउनलोड करने के लिए डाउनलोड विकल्प का उपयोग करें। इतना सरल है।
पीडीबी संरचनाओं को कैसे देखें?
पीडीबी की आणविक संरचना को एक समर्पित ऑनलाइन टूल या सॉफ़्टवेयर एप्लिकेशन का उपयोग करके देखा जा सकता है। आप अपने पीसी पर पीडीबी संरचनाओं की कल्पना और विश्लेषण करने के लिए IQmol, Swiss-PdbViewer और CueMol जैसे मुफ़्त सॉफ़्टवेयर आज़मा सकते हैं। यदि आप ऑनलाइन टूल का उपयोग करना पसंद करते हैं, तो कई विकल्प हैं। उदाहरण के लिए, आरसीएसबी पीडीबी और मोल्सॉफ्ट जैसी वेब सेवाओं का प्रयास करें। ये मुफ्त ऑनलाइन पीडीबी फ़ाइल दर्शक हैं जो उन्नत आणविक दृश्य और विश्लेषण उपकरण प्रदान करते हैं।
पीडीबी फाइल को पीडीएफ में कैसे बदलें?
पीडीबी फाइल को पीडीएफ में बदलने के लिए, आप मोलेकेल नामक इस मुफ्त डेस्कटॉप एप्लिकेशन का उपयोग कर सकते हैं। यह एक विशेष 'सेव टू पीडीएफ' विकल्प प्रदान करता है जो आपको पीडीबी फाइल को पीडीएफ प्रारूप में बदलने की अनुमति देता है। आप पीडीबी फाइल खोल सकते हैं और फिर पीडीबी को पीडीएफ में बदलने के लिए 'फाइल'> 'सेव टू पीडीएफ' पर क्लिक कर सकते हैं। हमने इस सॉफ्टवेयर पर इस पोस्ट में विस्तार से चर्चा की है, इसे ऊपर देखें।
बस इतना ही।
अब पढ़ो: विंडोज के लिए सर्वश्रेष्ठ मुफ्त आणविक मॉडलिंग सॉफ्टवेयर।
